在本學位學程下設立「執行委員會」、「教務委員會」、「招生委員會」與「學生事務委員會」，由雙方人員共同參加，並各推派一人擔任總召集人。各委員會的運作方式以協調溝通達成共識來進行。
執掌
| 委員會 | 執掌 |
| 執行委員會 |
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| 教務委員會 |
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| 招生委員會 |
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| 學生事務委員會 |
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委員會名單
| 委員會 | 委員名單 | ||
| 總召集人 | 中央研究院－陳建仁院長 慈濟大學－劉怡均校長 |
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| 執行委員會 | 主席 | 中央研究院召集人－陳儀莊 慈濟大學召集人－張中興 |
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| 委員 | 招生委員會主席－謝清河、張中興 教務委員會主席－李奇鴻、李政偉 學生事務委員會主席－李文山、蔡榮坤 |
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| 招生委員會 | 主席 | 中央研究院－謝清河 慈濟大學－張中興 |
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| 委員 | 中央研究院－李永凌、陳光超、陳璿宇、陳建璋、陳瑞華、施修明、李文山、 蕭培文、謝清河、沈家寧、郭紘志、林世昌、孟子青 慈濟大學－羅時燕、蔡榮坤、鄭敬楓、李政偉 |
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| 教務委員會 | 主席 | 中央研究院－李奇鴻 慈濟大學－張中興 |
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| 委員 | 中央研究院－李永凌、陳瑞華、施修明、陳璿宇、謝清河、沈家寧、 吳漢忠、李宜靜、林世昌 慈濟大學－顏瑞鴻、羅時燕、蔡榮坤、鄭敬楓、李政偉 |
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| 課程發展委員會 |
主席 |
中央研究院－程淮榮 慈濟大學－張中興 |
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委員 |
中央研究院－謝清河 慈濟大學－顏瑞鴻、蔡榮坤、鄭敬楓、李政偉 |
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| 資格考召集委員會 |
主席 |
中央研究院－陳志成 慈濟大學－張中興 |
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委員 |
中央研究院－李永凌 慈濟大學－李政偉 |
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| 學生事務委員會 | 主席 | 中央研究院－李文山 慈濟大學－張中興 |
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| 委員 | 中央研究院－李永凌、蕭培文、徐麗芬、廖永豐、陳儀莊、何孟樵、林世昌 慈濟大學－鄭敬楓 |
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